CGI - GCI,Java y Apache

No consigo que al apache me reconozca un cgi escrito en java.

Como le digo que ejecute ese cgi?

Apache no puede ejecutar programas escritos en Java, lo que puedes hacer es instalar el servidor web Tomcat, ese si que puede hacerlo.
Tambien puedes hacer que Apache y Tomcat "conversen", asi podras ejecutar tus jsp.