Estimado Luis.
Clarion tiene definido su propio conjunto de controles: botones, browse, combo, etc. están definidos en las DLLS de Clarion (c55runx, c63runx, etc).
Es por esto que un botón funciona igual en XP que en Seven e incluso podrías utilizar botones flat en Win 98, aunque no existieran, debido a que el control está definido en la propia DLL de Clarion.
Lo que hace Wine es simular todos los controles del API de Windows a los controles correspondientes de Linux (no reconoce ningún control de Clarion).
¿Solución?
Tendrías que utilizar los controles de Windows en todas las ventanas.
¿Como? No se, tal vez utilizar en Clarion 6.3 l opción Include Default Xp Manifest.
Podrías utilizar por ejemplo syslist (http://www.solidsoftware.de/syslist.htm) que es un wrapper classes for common win32 api controls, y seguramente te funcionaría con el WinApi, pero... inclusive las ventanas definidas en Clarion 6.3 creo que son controles propios de Clarion (y por lo tanto no te los intepreta el Wine).
Recomendación: Si querés desarrollar para Windows/Linux fijate en WinDev