Los embeds de Clarion no se excluyen unos a otros. De hecho son como si estuvieran todos codificados en lista uno tras otro como si fuesen uno mismo (Chécalo en el source).
Si tu defines un if en un primer bloque, puedes poner el código mque corresponde al then en otro distinto y el código del else en un tercero ... o bien todos en el mismo como cualquier cristiano.
Así que puedes poner un if con el código del then ahí mismo y abrir el else, y dejarlo abierto, luego vienen los bloques embed (o ejecución de procesos o rutinas )que no deben ejecutarse y al final agregas un embed con el end de tu if inicial.
HAz la prueba. Ta fácil.