El tamaño maximo de la llave para un indice del tipo CDX es de 256 caracteres y siendo asi no veo el problema para indexar un archivo con 3500 registros, tengo una BD con Indices CDX con mas de 2 Millones de Registros sin problemas.
Ahora bien, necesitar una llave de acceso de 356 caracteres necesitaria una segunda revision al diseño del modelo de datos, ya que no es usual tener llaves tan largas, ya que se incremeta la carga del modelo inecesariamente.
El RDD Comix para indices (CDX) son nativos a 5.3 hay otros como el RDD SIX que tambien tienen compatibilidad con 5.3 pero su maxima longitud para las llaves es tambien de 256 caracteres.
Mas que un indice lo que requieres es un "Motor de Busqueda" para campos del tipo Memo.
Asi que mas que tener problemas para indexar campos de mas de 356 caracteres y hablar de incompatibilidad, tal vez requieras primero mirarte el manul del RDD CDX para revisar sus especificaciones y limites.
Un abrazo