El compile.bat llama a su vez a otro .bat en \minigui\batch. Si lo miras, vas a ver que setea nuevamente el entorno, para que trabaje con variables especificas para el compilador:
IF "%MG_BCC%"=="" SET MG_BCC=c:\borland\bcc55
IF "%MG_ROOT%"=="" SET MG_ROOT=c:\minigui
IF "%MG_HRB%"=="" SET MG_HRB=c:\xharbour
Entonces, para que vas a cargar las rutas, si despues el .bat te las setea nuevamente? Ademas de consumir espacio en el registro. Y como te comente antes, con un make ganas en velocidad y en facilidad.
Marcelo
PD: yo uso Minigui Experimental, xHarbour y Bcc55. La version oficial usa Harbour y Mingw.