Saludos:
No has dicho cual cobol usas pero te voy a dar un metodo.
primero haz un programa que lea tu archivo indexado y lo convierta a LINE SEQUENTIAL despues que ya tengas el archivo secuencial entonces cargas EXCEL y lo llamas tu le asignaras de donde a donde estan tus campos cuando ya lo tengas en definido en excel entonces a cada celda le asignas en tamaño del campo y inserta una linea en blanco en la primera fila y le pones el nombre que le vas asignar a cada campo despues lo grabar ejecutando la opcion (Guardar como) y escoges Dbase III y automaticamente ya esta asignado tu DBF...
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