Comunicaciones - Problemas de configuración ftp

Soy el Administrador de una LAN (Windows NT-2000) con conexion ADSL, con el router 3Com de telefonica, me he propuesto el crear un servidor ftp para una aplicacion de gestion de franquicias, ya he logrado que el router tenga una IP fija y asi poder conectar con los interesados, el problema se me presenta en el momento en que el sistema que conecta desde MS-Dos funciona pero cuando trato de entrar con nuestra aplicacion "Aqua" no funciona.