Sí, por supuesto que se pueden reorganizar las bases de datos y rehacer los índices. La forma de hacerlo dependerá de la base de datos de que se trate.
En el caso de tablas Paradox, para reparar tablas necesitarás la biblioteca TUTIL32.DLL (TUTILITY.DLL para Delphi 1), que la tienes que copiar al directorio System de Windows, y la puedes encontrar para descarga en el sitio de Borland:
http://info.borland.com/devsupport/bde/utilities.html
También puedes hacer interfaz con TUTIL32.DLL directamente o usando el componente TKPdxRepair (FWS D2-D5):
http://www.korzh.com/download/kpdxrpr.zip
Con las RXLIB viene entre los ejemplos el DBEXPL32 que provee una conveniente interfaz visual. En la unidad TUTIL.PAS entontrarás muchas funciones que te serán útiles para entender la biblioteca TUTIL32.DLL.
Espero que te sirva.
Ernesto De Spirito
http://www.latiumsoftware.com/es/index.php