Dev - C++ - ayuda con funciones de C

Hola: estoy haciendo en C, en linux, un sistema que transfiere un archivo de un servidor a un cliente.
Lo que ocurre es que necesito segmentar el archivo original argegando caracteres esperciales, y despues quitar esos caracteres agregados en el cliente para que el cliente obtenga el archivo correcto.
Quien me pueda decir como puedo hacer eso se lo voy a agradecer.
Saludos
Juan Pablo