Yo te diría que usar una función para ahorra tiempo al tipear puede valer la peno o no, es más bien una cuestión de preferencia personal, pero en este caso me parece que no estás ahorrando mucho, pero ese no es el problema. Lo que no está nada bien es usar "system", que es tremendamente ineficiente para algo de tan poco valor como limpiar una consola.
system invoca al intérprete de comandos (en este caso de Windows), y debes invocar explícitamente a flush y cerrar cualquier flujo antes de invocarlo (https://docs.microsoft.com/en-us/cpp/c-runtime-library/reference/system-wsystem?view=msvc-160). Si se trata de "ahorrar tiempo al escribir", bueno, es una muy mala idea.
Por otro lado, ¿te has preguntado por qué necesitas limpiar la consola? Si es para que el usuario pueda ver la salida más cómodamente, replantéatelo, los programas de consola no tiene usuario. Si tu programa es para que lo esté viendo un usuario deberías usar la interfaz gráfica más habitual en el sistema operativo; si estás en Windows (que lo estás, porque si no no usarías cls) deberías usar ventanas, y si tu programa necesita ventanas te comento que no deberías usar C ni C++, no es para eso.
En resúmen:
- ¿Resta eficiencia a mi programa?
- Sí, claramente, invocar a system para limpiar una consola que nadie ve resta eficiencia.
- ¡Pero mi programa sí tiene usario!
- Deberías usar ventanas.
- ¡Es muy difícil y costoso usar ventanas en C++!
- No uses C++.
