Developer - dudas para hacer una pagina web dinamica y que tipo de base de datos usar

Buenos días, estoy en proceso de creación de un sitio web dinámico, que en un futuro puede ir creciendo, tanto en cantidades de registros como en dinamismo (nuevos módulos o funciones). Por ahora tengo lo siguiente una página web principal (index) cuyos datos de configuración se llenaran dinámicamente a través de un json de configuración inicial. El cual vendrá en un servicio restFul y cuya base de datos será mongodb. Aparte la web tiene procesos transaccionales los cuales por lo momento están en una base de datos mysql (ejemplo seria guardar citas de un paciente y el doctor que lo entenderá) lo anterior es un ejemplo esta base de datos en mysql tiene 7 tablas relacionales. Además falta definir y hacer el modulo administrativo de donde se controlara todo estos datos.
Las pregunta mirando a futuro y falta de conocimiento de mi parte serian:
1) Es buena idea tener dos bases de datos para dicha aplicación. O sería mejor una sola? En caso de ser así cual sería mysql o mongodb. Pesando a su vez que por ejemplo van a ver varios consultorios y cada uno tendrán sus pacientes, trabajadores, y que dichos trabajadores tendrán especialidades y que de por lo menos 1000 consultorios se debe buscar la data de la cita de una persona (paciente) en un consultorio especifico con un profesional determinado o varios (y se pueden imaginar las infinitas cantidades de citas que pueden pedir diariamente los pacientes),además en un futuro podría llevar estadísticas.
2) Tenía pensado que en la parte relacionar que está en mysql generar una base de datos para cada consultorio que se cree (registre),esta base de datos tendría que ser generada en el hosting a partir de las instrucciones sql, la pregunta concreta es que si alguien sabe si desde un página web en la parte de administrador se puede generar una base de datos en el hosting , si existen hosting donde se puedan crear infinitas base de datos.

De antemano gracias por sus respuesta.