Director - abrir archivo bat

Hola a todos, el problema que tengo es el siguiente:
Película con un menú desde el cual abro diferentes archivos externos (pdf, pps, etc). Pero tengo un archivo bat que a su vez carga una aplicación de java.
Este archivo funciona correctamente si lo ejecuto desde msdos o desde el explorador de archivos, pero desde directo con la intrucción open lo ejecuta pero la sesión de msdos que abre lo hace en el escritorio y por lo tanto cuando ejecuta las lineas de comando del archivo bat no funcionan.
Espero haberme explicado y agradeceria mucho una solución.

Saludos