Hola Daniel!
Una opción para abrir una ventana y poder controlar su tamaño y su posición en la pantalla es mediante Javascript:
<a href="#" onClick="MM_openBrWindow('http://www.ladireccionquequieras.com','','width=500,height=350,left=100,top=100')" onMouseOver="MM_swapImage('Image6','','images/logopais2.gif',1)" onMouseOut="MM_swapImgRestore()"><img src="images/logopais.gif" alt="Visita la página de EL PAIS" name="Image6" width="250" height="57" border="0">
Este ejemplo de código es para vincular una imagen de sutitución (rollover), pero también se puede hacer mediante un texto que tenga un vínculo nulo (poniendo en vínculo: javascript:;).
Otra opción es a través del panel de comportamientos de Dreamweaver, seleccionando la opción "Abrir ventana de navegador", y en dicho cuadro de diálogo seleccionas las dimensiones de la ventana, así como atributos como si tiene o no barra de menú, barras de desplazamiento, si es redimensionable, etc. Una vez creado el comportamiento, puedes retocarlo directamente desde código para añadirle los parámetros de la posición (left y top).
Espero que te sirva de ayuda, y si tienes cualquier pregunta no dudes en volver a preguntar.
Alberto