Veamos (posiblemente alguién ueda añadir más cosas que yo):
DIV/SPAN: Funcionan como "contenedores" que permiten agrupar varios trozo de código para poder aplicar una misma hoja de estilo, por ejemplo.
Imagina que quieres aplicar a varios párrafos siempre el mismo estilo: Pues en vez de poner <p style="estilo"> una y otra vez, pones <div style="estilo"> y desde ahí hasta que lo cierres, todo el código intermedio llevará ese estilo aplicado.
¿Diferencias?: Span se recomiendo para contenido puro (texto sin etiquetas)y DIV para bloques de código.
LAYER/ILAYER: Son dos etiquetas que sólo reconoce Navigator (no existen como etiquetas oficiales en HTML. Son un vestigio de las guerras entre navegadores en los que cada uno se inventaba la etiqueta que le viniera en gana).
Con pequeñas variaciones, sun función es la misma que la de DIV, por lo que se recomienda utilizar ésta.