MMmm.... en lugar de mirar en la fat, mejor mira en las entradas del directorio raíz del disquette, que es donde se guardan los nombres.
Antes de la parte de datos, el disco tiene la FAT y "el directorio raíz".
Éste último guarda el nombre de los ficheros del directorio raíz, la fecha de creación, tamaño, atributos, etc, y, creo recordar, el primer bloque de datos que utiliza. El resto de datos usados están en la FAT.
Cuando se borra un fichero, se quita su información del "directorio de raíz", o sea se deja libre la entrada, pero no se borran los datos. Lo que hay que hacer es recuperar esa entrada. En realidad cuando se borra el fichero solo se marca la entrada como libre cambiando el primer caracter (a cada uno nos suena una cosa, yo creía que era un '.' :-)), pero el resto se mantiene. Cuando haces un DIR, MS-DOS considera esa entrada como vacía. Para recuperarla, hay que cambiar ese fatídico byte del sector. Busca información por internet sobre todo eso, seguro que hay mucha.
Por cierto, no recuerdo que MS-DOS tuviera una función en la interrupción 21h para hacer todo eso...
Suerte