Deberías dar más información... El command.com no inicia la máquina. Quien lo inicia es el código de los sectores de arranque de los disquettes o discos duros, que se encargan de cargar, en MS-DOS al menos, los ficheros IO.SYS y MSDOS.SYS, ocultos y de sistema. Éstos se encargan luego de intepretar el config.sys y el autoexec.bat, y más adelante cargan el command.com, como la última fase del arranque del ordenador.
¿Qué es lo que quieres exactamente?. Porque lo que pareces pedir no es precisamente algo sencillo o corto...