Ensamblador - cronometro

Hola a todos, ando un poco perdido en esto del ensamblador, y necesito hacer un cronometro lo mas preciso posible, minimo en orden de milisegundos, sin modificar la frecuencia del timer, pero no entiendo bien el funcionamiento del timer, y por mas que accedo al puerto 42h no soy capaz de leer bien los datos, en definitiba necesito dejar un proceso leyendo continuamente ese registro para poder realizar medidas de tiempo lo mas pequeñas posibles, alguien sabria decirme como?

Lo mejor para eso es utilizar codigo empotrado en c, c tiene herramientas mas sencillas para medir tiempo...

Necesito hacerlo a bajo nivel ya que forma parte del planificador de tareas de un S.O. y no puedo utilizar ninguna libreria de C que se apoye en servicios del S.O. ya que este codigo sera parte de el, por tanto tengo que hacerlo directamente en ensamblador, pero gracias por el consejo.