Supongo que hablas de MS-DOS...
Si te refieres a una especie de virus, tendrás que hacer un programa residente que se cuelgue de la interrupción 21 y gestione las llamadas a las funciones 11h y 12h. Mediante ellas, los programas obtienen los ficheros de un directorio, a si es que puedes meter tu código ahí para devolverles cosas que no son verdad.
Otra opción es que te refieras a ocultarlos sin necesidad de código. Es decir que realmente los ficheros estén, pero que no se vean. Por ejemplo, para llevar un disco "virgen" a un examen donde grabar y entregar los resultados, y luego resulte que ese disco no esté originalmente tan "virgen" como parecía. Para eso tienes que aprender sobre la estructura del disquette, y eliminar la información sobre los nombres de los ficheros, pero no borrar sus datos. Luego cuando el profesor ha revisado tu disco, puedes volver a restaurar los nombres, para que se asocien con los datos.
Eso puede hacerse cambiando la información del directorio raíz. Solo se necesita ir al disco, al cluster donde se guardan los nombres, y borrar el primer caracter, sustituyendolo por un 0, creo. Eso lo puedes hacer en casa.
El problema es luego restaurarlo, que lo cómodo sería tener un programita que lo restaurara, pero ese programita no podrá estar en el disquette, a si es que tendrás que copiarlo antes al disco duro del ordenador donde hagas el examen. O la otra posibilidad es editarlo a mano. Se puede hacer a mano con el debug.com... pero es un poco difícil... y te arriesgas a cargartelo todo
Suerte