Debes realizar el código teniendo en cuenta el evento BeforePrint.
Lo que te pongo a continuación es de la ayuda de excel (Editor Visual Basic), así tendrás una aproximación sobre como se usa.
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'Se produce antes de que se imprima el libro o cualquiera de sus partes.
'Private Sub Workbook_BeforePrint(Cancel As Boolean)
'Cancel False al ocurrir el evento. Si el procedimiento de evento establece el valor de este argumento en True, el libro no se imprimirá al finalizar el procedimiento.
'Ejemplo modificado
Private Sub Workbook_BeforePrint(Cancel As Boolean)
Dim wk as Worksheet
For Each wk in Worksheets
wk.Calculate
Application.DisplayAlerts = False
wk.PrintOut Copies:= 1
If wk.Name = "FACTURA" Then
'Aquí incrementas el contador
End If
Application.DisplayAlerts = True
Next
End Sub
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Controlando qué wk (wk es la variable que se usa aquí para cada hoja de cálculo del libro) se va a imprimir, puedes realizar el incremento del contador de facturas.
Se ha supuesto que "FACTURA" es el nombre de la hoja donde está la factura
Saludos