Está raro, tal vez hiciste 2 reorganizaciones consecutivas y el parche solo identificó la ultima.
Si es el caso respalda la KB por si algo pasa, impacta nuevamente pero seleccionando el modelo backup de genexus, en teoría el backup contiene el estado previo al último impacto.
Si funciona, haces el nuevo parche v2 de reorganización de DB, de la kb respaldada distribuye los objetos que hayan cambiado y consolidalos en la kb que ahora tienes, haz lo que corresponde y genera el parche v3 de reorganización de DB.
Recuerda que esto aplica solo si sucedió lo que sospecho.
Si no llegara otro tip con otra alternativa de solución ve pensando en reorganizar a mano.
Un consejo: es sano que, por norma, al terminar tus labores del día generes un distribución de todos los objetos y guardes los archivos en un lugar seguro distinto a tu máquina, al tenerlo este tipo de problemas los resuleves en 5 minutos.
Espero sirva
Saludos
