Saludos...
En Powerdesigner creas dos modelos...
El de EntidadRelación-LógIco y el FISICO...
El modelo ENTIDADRELACION-LÓGICO es una mezcla de modelos ya que defines las entidades, las relaciones y los atributos que corresponden al logico.
En el modelo físico es la teorización de como va a quedar el físico de la base de datos lo cual incluye las tablas y columnas y le agregas los demás objetos de la base de datos para que quede como se vería (virtualmente) dentro del gestor de la base de datos...
Al modelo físico le puedes agregar objetos (indices, vistas, funciones, procedimientos y triggers) por ejemplo que no defines en el modelo entidad-relación ni en el modelo lógico, es decir existirán objetos que no pueden ser definidios en los modelos er y físico...
Con PowerDesigner tomarás este modelo (el físico) para que genere todo el sql de creación de la base de datos...
Espero que te sirva...