Internet - Pagina deja de responder despues de ser visitada constantemente

Cree una aplicacion de escritorio que visita una Url constantemente cada 3 min, la cual internamente ejecuta un código para realizar unas modificaciones en una base de datos sql server. pero luego de estar funcionando 30 min la pagina web deja de responder, como si se bloqueara, no responde ni aun visitándola de manualmente desde el explorador.

Alguien tiene alguna idea o teoría de porque esto esta ocurriendo. Necesito solucionar esta dificultad urgentemente

Entiendo que el servidor es un servidor Windows?... has revisado la carga de la maquina? puede ser que estas consultas a la base de datos tarden mas de 3 minutos en responder?
Con que lenguaje de programación estas realizando las consultas?

las consultas son algo pesadas, y les puede tomar hasta un minuto, y las consultas se envian desde asp.net.

Esto es Microsoft!!!! no sabes porque pero pasan estas cosas...

Entiendo que en algun momento la consulta tardara mas de 3 minutos, ya sea porque el disco este trabajando en otra cosa, o haciendo cualquiera de sus tareas, y si tarda mas de 3 minutos y tu sistema vuelve a solicitar otra consulta, y otra a los próximos 3 minutos, eso ya no termina nunca.

Mi recomendación es que no realices otra consulta si la anterior no ha finalizado.

Por experiencia, no te recomiendo que la aumentes a 5 minutos, ya que en algún momento te pasara lo mismo, aunque con menos frecuencia.