Hola
Las desventajas son las que posee cualquier aplicación web ante una aplicación de escritorio...
1. No posee una interfaz "rica", ya que la interfaz web es limitada.
2. La codificación de interfaces elaboradas lleva muchas lineas de código, y la mayoria debe hacerse usando scripts (javascript)
3. La carga de la interfaz es mas lenta que la de una aplicación de escritorio
4. La mayor parte de la lógica de la aplicación se ejecuta en el servidor, por lo que se corre el riesgo de sobrecargar de trabajo al mismo
5. La aplicación no está disponible si ocurre algun problema con el servidor o con la conexión de red
Repito, estas desventajas son de cualquier aplicación web respecto a una de escritorio, por lo que esto no solo aplica a jsp sino a cualquier otra tecnologia como php o asp
Saludos
