JSP (Java Server Page) - Ejecutar desde linea de Comandos

Hola , tengo una aplicación java, que ejecuto desde linea de comandos, pero aparece un mensaje que dice que no encuentra la clase java.lang.system, me imagine que esto ya estaría configurado en UNIX, tal como sucede en windows, estuve averiguando que existe una variable del sistema tambien en UNIX que se llama CLASSPATH, pero sirve para clases de usuario. Que puedo hacer para que mi aplicación use las clases de la maquina virtual que tengo instalada en Linux?? es Urgente por favor. Gracias