Mete todo el programa en una estructura while y dentro crea una estructura Flat SEQUENCE con dos Frames.
En el primer frame debes de conseguir que el analizador haga un barrido secuencial dentro del intervalo de frecuencias que tú le indiques. Eso no es dificil, leete el manual y busca el comando SCPI indicado.
En el segundo frame debes de utilizar un subVI para leer todas las entradas (frecuencia, potencia, amplitud,etc), del string que la máquina te dé, filtra el parámetro que quieres que sea el discriminante. Compara el valor obtenido con tu límite superior, si supera el limite ejecutas un CASE (true). En el case mediante tuneles le pasas las lecturas totales, guarda las salidas en un fichero y ya lo tienes.
Suerte