Linux - Problemas de 1 iniciado

Logre por primera vez instalar linux en mi ordenador,con el mandrake9,tengo tambien instalado el 98se y XPprof.Me puse a explorar las particiones windows y ejecute 1 programita(creo q ese fue el problema) desde el linux y cuando reinicie no me arranco mas el xp.Reinstale xp y luego linux.Q debo evitar hacer en linux para q no me causa problema con win y poder seguir usandolo y estudiandolo.
Desde ya gracias por la paciensia.
1 saludo

Estudiate el lilo (man lilo) y a lo mejor lo solucionas.