Si tienes un servidor 4.5 o mayor, en el proceso de instalacion debes utilizar la opcion "Custom Install" y luego debes selecionar "Notes Service Install", lo cual hace que se instale el servidor como un servicio manual en NT. Si es una version anterior existe un comando en el directorio del programa de Notes (c:\notes por ej.) que debes ejecutar:
ntsvinst -c (para instalarlo)
ntsvinst -d (para removerlo)