Lo que puedes hacer, es dejar la tarea compact programada con el documento de programa, para que corra todos los dias a la noche, por ejempo:
En el documento de programa, selecciona el servidor y cuando se va a ejecutar, en el nombre del programa escribe "COMPACT", y en la linea de comando ingresa "MAIL -B -D", de esta manera vas a compactar solo la carpeta mail, con las opciones -B -D
Espero que te ayude.
Saludos