Amigos, se me presentó ese problema y hasta ahora no conseguía la solución por ningún lado. El NOD32 eliminaba los archivos *.exe infectados, pero los *.doc que habían sido sustituidos, no aparecían por ningún lado. Hoy se me acurrió usar una vieja herramienta: el comando ATTRIB(lo que está escrito en mayúsculas es solo para resaltar). Se procede así:
En el botón INICIO seleccionas EJECUTAR y escribes CMD. Una vez que estás en la pantalla de símbolo de comandos (pantalla negra), le das te pasas a la unidad que previamente fue limpiada por el antivirus, por ejemplo, si tu pendrive fue designado como disco F:, escribes CD F:. Una vez en tu unidad "limpiada", escriben el siguiente comando: ATTRIB -H -R -S -A /S y presionan ENTER. Deben colocar un espacio entre cada uno de los atributos( no los estoy tratando como brutos, es para ser lo más claro posible), es decir: ATTRIBespacio-Hespacio-Respacio-Sespacio-Aespacio/S. Con esto, estamos diciçendoles que le quite todos los atributos a los archivos, y que lo haga en todos los subdirectorios. Una vez procese completamente la unidad, volvemos a Mi PC, buscamos el pendrive o unidad afectada, y tendremos todos nuestros archivos intactos. Espero que les sea de utilidad, y por favor divçulguenlo entre las vçictimas. Saludos