MariaDB - Mariadb No usa primary key

Hemos migrado desde msysql 5.6 a Mariadb 10.5.
A raiz de la migración hemos detectado que muchos sql iban muy lentos. Al analizar las consultas con EXPLAIN nos hemos dado cuenta que por algún motivo Mariadb no usa la primary key que hemos indicado en el join y acccede a la tabla del join por otra columna que esta definia en index ,pero no es la primary key.
Esto hace que en vez de procesar 1 fila procese miles de filas de la tabla, haciendo la consulta super lenta.
¿Existe alguna explicación a esto? ¿Cómo se puede solucionar?

Muchas gracias.