Matlab - Ejecutar 2 veces programa.

Tengo un programa que lleva ejecutandose 4 meses sin parar. Son 6 for anidados con otros 6. Y cada uno va de 0 a 10. El programa va funcionando, pero para los resultados finales faltan algunos meses,
Mi idea era volver a ejecutarlo (SIN PARAR EL QUE SE ESTA EJECUTANDO EN EL Command Windows), y sabiendo los datos que parcialmente va dando, poder poner los for con valores de 4 a 5, 2 a 4, etc...
¿Como puedo ejectutar el mismo programa (o cambiendolo de nombre), a la vez?
Gracias.