Hola Juan F.
Lo que planteas es interesante. Te recomiendo hacerlo de una de las siguientes formas:
======== OPCIÓN 1 =======
Desarrolla una función que reciba como argumento de entrada el "handle" o referencia del elemento uitable (tabla) y el nombre del archivo html de salida. Debes conocer un poco la sintaxis del lenguaje HTML, sobre todo la creación de tablas mediante las etiquetas <table></table> y todas aquellas relacionadas con el desarrollo de filas y columnas (en internet puedes encontrar múltiples referencias).
Dentro de esa función define plantillas de diseño en forma de cadenas de caracteres en las cuales habrás de sustituir mediante la función strrep cualquier caracter que utilices como "señuelo", por ejemplo:
En lo anterior habrías de sustituir el caracter asterisco (*) por el string correspondiente a los datos de tu tabla.
Obviamente los datos de la tabla los puedes obtener utilizando la función get, por ejemplo:
Desde luego necesitarás bucles for anidados para recorrer y "escribir" cada dato de la tabla. Recuerda que para exportar una cadena de caracteres a un archivo de texto puedes hacerlo utilizando la función fprintf.
Revisa la documentación de MATLAB te será de mucha ayuda. Y si desconoces la sintaxis de HTML simplemente utiliza ejemplos como guía (en el caso que necesites un desarrollo rápido).
===== OPCIÓN 2 =============
Utiliza la función publish, aunque claro que si tu tabla es de dimensiones muy grandes no podrás visualizarla del todo dentro del documento de salida. Aclaro que en este caso no obtendrás una tabla propiamente dicha, sino una captura de pantalla de tu GUI.
====================================================
Cualquier duda al respecto puedes comentarla.
Saludos.
Jorge De Los Santos.