Matlab - Comunicación a través del puerto RS232

Saludos a todos, pues necesito de su gran ayuda, el punto es el siguiente:
Tengo q realizar un programa en matlab que sea capaz de recibir números de 16 bits binario, que se enviará a través del puerto RS232 de una tarjeta de adquisición de datos FPGA, el programa en la tarjeta FPGA ya lo tengo hecho pero nose como hacer que matlab reciba el número de 16 bits ya que ese puerto solo envia 8 bits cada uno, con un bit de inicio y fin, el problema no radica en la tarjeta, sino que nose como hacer que reciba esos números binarios de 16 bits matlab, porque el problema es que nose como dejar abierto el programa en matlab porque nose cuantos números de 16 bits se van a enviar en un periodo de tiempo, tengo que convertir esos números binarios de 16 bits a decimal y graficarlos, eso ya lo tengo hecho, el problema es la adquisición de los números de 16 bits binarios en un periodo de tiempo que nose cuántos números de 16 bits se enviaran.
Gracias por su valiosa ayuda.