Hola Jorge;
Sobre tu consulta, aunque tu requerimiento no es del todo claro, creo entender tu requerimiento (hace algunos años trabaje analisis de datos marinos).
Existen varías formas de abordar tu problema y todo va a depender de la habilidad que tengas con los lenguajes de programación.
Si tienes varias fuentes de datos que se superponen, y deseas crear una unica batimetría integrada, podrías hacer lo siguiente:
1) Unir todos los datos en vectores X, Y y Z, a partir de ellos hacer una interpolación sobre una nueva grilla X y Y.
2) Si deseas que en cierta área solo se trabaje con una determinada fuente, podrías establecer una doble condición if, en la cual los puntos a interpolar de esa área se realice con los datos de una determinada fuente.
3) Delimitar las isobatas, en las zonas poco profundas podrías usar los datos que sean menores o iguales a ciertas profundidad (o los datos de unas fuentes) y para las zonas más profundas u oceanicas, podrías un rango de datos mayor y complementar con otras fuentes tipo Etopo o GEICO.
Esas son algunas soluciones que se me ocurren por el momento, claro que tambien tienes que tener en cuenta:
Estas trabajando con mallas regulares o curvilineas,
Vas a crear archivos NetCDF, grid, o solo Ascii,
A que resolución espacial vas a trabajar
La nueva batimetría va a ser utilizada para modelado numerico (ROMS, POM, HYCOM)
...
Espero poder ser de alguna ayuda.
Saludos
David Correa Ch.
correa.dave30@gmail.com
dcorrea@fismatlab.org
Servicios de Programación Matlab
http://fismatlab.org
https://www.facebook.com/fismatlabperu
http://fismatlab.blogspot.com