distancia levenshstein
Publicado por cristian garcia (5 intervenciones) el 22/10/2018 05:48:19
clc;
clear all;
mouse = 'ACCAAAAAAACATCCAAACACCAACCCCAGCCCTTACGCAATAGCCATACAAAGAATATTATACTACTAAAAACTCAAATTAACTCTTTAATCTTTATACAACATTCCACCAACCTATCCACACAAAAAAACTCATATTTATCTAAATACGAACTTCACACAACCTTAACACATAAACATACCCCAGCCCAACACCCTTCCACAAATCCTTAATATACGCACCATAAATAAC';
bovine = 'ACCAAACCTGTCCCCACCATCTAACACCAACCCACATATACAAGCTAAACCAAAAATACCATACAACCATAAATAAGACTAATCTATTAAAATAACCCATTACGATACAAAATCCCTTTCGTCTAGATACAAACCACAACACACAATTAATACACACCACAATTACAATACTAAACTCCCATCCCACCAAATCACCCTCCATCAAATCCACAAATTACACAACCATTAACCC';
lemur = 'ACCAAACTAACATCTAACAACTACCTCCAACTCTAAAAAAGCACTCTTACCAAACCCATCACAACTCTATCAACCTAACCAAACTATCAACATGCCCTCTCCTAATTAAAAACATTGCCACACTAAACCTACACACCTCATCACCATTAACGCATAACTCCTCAGTCATATCTACTACACACCCTAACAATTTATCCCTCCCATAATCCAAAAACTCCATAAACACAAATTC';
tarsier = 'ATCTACCTTATCTCCCCCAATCAATACCAACCTAAAAACTCTACAATTAAAAACCCCACCGCTCAATTACTAGCAAAAATAGACATTCAACTCCTCCCATCATAACATAAAACATTCCTCGCTCCAATAAACACATCACAATCCCAATAACGCATATACCTAAATACATCATTTAATAATAATACTCCAACTCCCATAACACAGCATACATAAACTCCATAAGTTTGAACAC';
squir_monk = 'ACCCCAGCAACTCGTTGTGACCAACATCAATCCAAAATTAGCAAACGTACCAACAATCTCCCAAATTTAAAAACACATCCTACCTTTACAATTAATAACCATTGTCTAGATATACCCCTAAAATAAATGAATATAAACCCTCGCCGATAACATA-ACCCCTAAAATCAAGACATCCTCTCACAACGCCAAACCCCCCTCTCATAACTCTACAAAATACACAATCACCAACAC';
jpn_macaq = 'ACTCCACCTGCTCACCTCATCCACTACTACTCCTCAAGCAATACATAAACTAAAAACTTCTCACCTCTAATACTACACACCACTCCTGAAATCAATGCCCTCCACTAAAAAACATCACCAGCCCAAACAAACACCTATCTACCCCCCCGGTCCACGCCCCTAACTCCATCATTCCCCCTCAATACATCAAACAATTCCCCCCAATACCCACAAACTGCATAAGCAAACAGAC';
rhesus_mac = 'ACTTCACCCGTTCACCTCATCCACTACTACTCCTCAAGCGATACATAAATCAAAAACTTCTCACCTCCAATACTACGCACCGCTCCTAAAATCAATGCCCCCCACCAAAAAACATCACCAACCCAAACAAACACCTACCCATCCCCCCGGTTCACGCCTCAAACTCCATCATTCCCCCTCAATACATCAAACAATTCCCCCCAATACCCACAAACTACATAAACAAACAAAC';
crab_e_mac = 'ACCCCACCTACCCGCCTCGTCCGCTACTGCTTCTCAAACAATATATAGACCAACAACTTCTCACCTTTAACACTACATATCACTCCTGAGCTTAACACCCTCCGCTAAAAAACACCACTAACCCAAACAAACACCTATCTATCCCCCCGGTCCACGCCCCAAACCCCGCTATTCCCCCCTAATACACCAAACAATTTTCTCCAACACCCACAAACTGTATAAACAAACAAAC';
barbmacaq = 'ACCCTATCTATCTACCTCACCCGCCACCACCCCCCAAACAACACACAAACCAACAACTTTTTATCTTTAGCACCACACATCACCCCCAAAAGCAATACCCTTCACCAAAAAGCACCATCAAATCAAACAAACACCTATTTATTCCCCTAATTCACGTCCCAAATCCCATTATCTCTCCCCAACATACCAAACAATTCTCCCTAATATACACAAACCACGCAAACAAACAAAC';
gibbon = 'ACTATACCCACCCAACTCGACCTACACCAATCCCCACATAGCACACAGACCAACAACCTCCCACCTTCCATACCAAGCCCCGACTTTACCGCCAACGCACCTCATCAAAACATACCTACAACACAAACAAATGCCCCCCCACCCTCCTTCTTCAAGCCCACTAGACCATCCTACCTTCCTAGCACGCCAAGCTCTCTACCATCAAACGCACAACTTACACATACAGAACCAC';
orang = 'ACCCCACCCGTCTACACCAGCCAACACCAACCCCCACCTACTATACCAACCAATAACCTCTCAACCCCTAAACCAAACACTATCCCCAAAACCAACACACTCTACCAAAATACACCCCCAATTCACATCCGCACACCCCCACCCCCCCTGCCCACGTCCATCCCATCACCCTCTCCTCCCAACACCCTAAGCCACCTTCCTCAAAATCCAAAACCCACACAACCGAAACAAC';
gorilla = 'ACCCCATTTATCCATAAAAACCAACACCAACCCCCATCTAACACACAAACTAATGACCCCCCACCCTCAAAGCCAAACACCAACCCTATAATCAATACGCCTTATCAAAACACACCCCCAACATAAACCCACGCACCCCCACCCCTTCCGCCCATGCTCACCACATCATCTCTCCCCTTCAACACCTCAATCCACCTCCCCCCAAATACACAATTCACACAAACAATACCAC';
chimp = 'ACCCCATCCACCCATACAAACCAACATTACCCTCCATCCAATATACAAACTAACAACCTCCCACTCTTCAGACCGAACACCAATCTCACAACCAACACGCCCCGTCAAAACACCCCTTCAGCACAAATTCATACACCCCTACCTTTCCTACCCACGTTCACCACATCATCCCCCCCTCTCAACATCTTGACTCGCCTCTCTCCAAACACACAATTCACGCAAACAACGCCAC';
human = 'ACCCCACTCACCCATACAAACCAACACCACTCTCCACCTAATATACAAATTAATAACCTCCCACCTTCAGAACTGAACGCCAATCTCATAACCAACACACCCCATCAAAGCACCCCTCCAACACAAACCCGCACACCTCCACCCCCCTCGTCTACGCTTACCACGTCATCCCTCCCTCTCAACACCTTAACTCACCTTCTCCCAAACGCACAATTCGCACACACAACGCCAC';
index = [mouse,bovine,lemur,tarsier,squir_monk,jpn_macaq,rhesus_mac,crab_e_mac,barbmacaq,gibbon,orang,gorilla,chimp,human];
class = [mouse;bovine;lemur;tarsier;squir_monk;jpn_macaq;rhesus_mac;crab_e_mac;barbmacaq;gibbon;orang;gorilla;chimp;human];
animal = ["mouse","bovine","lemur","tarsier","squir_monk","jpn_macaq","rhesus_mac","crab_e_mac","barbmacaq","gibbon","orang","gorilla","chimp","human"];
como calcular la distancia levenhstein de esos carectares ?
clear all;
mouse = 'ACCAAAAAAACATCCAAACACCAACCCCAGCCCTTACGCAATAGCCATACAAAGAATATTATACTACTAAAAACTCAAATTAACTCTTTAATCTTTATACAACATTCCACCAACCTATCCACACAAAAAAACTCATATTTATCTAAATACGAACTTCACACAACCTTAACACATAAACATACCCCAGCCCAACACCCTTCCACAAATCCTTAATATACGCACCATAAATAAC';
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tarsier = 'ATCTACCTTATCTCCCCCAATCAATACCAACCTAAAAACTCTACAATTAAAAACCCCACCGCTCAATTACTAGCAAAAATAGACATTCAACTCCTCCCATCATAACATAAAACATTCCTCGCTCCAATAAACACATCACAATCCCAATAACGCATATACCTAAATACATCATTTAATAATAATACTCCAACTCCCATAACACAGCATACATAAACTCCATAAGTTTGAACAC';
squir_monk = 'ACCCCAGCAACTCGTTGTGACCAACATCAATCCAAAATTAGCAAACGTACCAACAATCTCCCAAATTTAAAAACACATCCTACCTTTACAATTAATAACCATTGTCTAGATATACCCCTAAAATAAATGAATATAAACCCTCGCCGATAACATA-ACCCCTAAAATCAAGACATCCTCTCACAACGCCAAACCCCCCTCTCATAACTCTACAAAATACACAATCACCAACAC';
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orang = 'ACCCCACCCGTCTACACCAGCCAACACCAACCCCCACCTACTATACCAACCAATAACCTCTCAACCCCTAAACCAAACACTATCCCCAAAACCAACACACTCTACCAAAATACACCCCCAATTCACATCCGCACACCCCCACCCCCCCTGCCCACGTCCATCCCATCACCCTCTCCTCCCAACACCCTAAGCCACCTTCCTCAAAATCCAAAACCCACACAACCGAAACAAC';
gorilla = 'ACCCCATTTATCCATAAAAACCAACACCAACCCCCATCTAACACACAAACTAATGACCCCCCACCCTCAAAGCCAAACACCAACCCTATAATCAATACGCCTTATCAAAACACACCCCCAACATAAACCCACGCACCCCCACCCCTTCCGCCCATGCTCACCACATCATCTCTCCCCTTCAACACCTCAATCCACCTCCCCCCAAATACACAATTCACACAAACAATACCAC';
chimp = 'ACCCCATCCACCCATACAAACCAACATTACCCTCCATCCAATATACAAACTAACAACCTCCCACTCTTCAGACCGAACACCAATCTCACAACCAACACGCCCCGTCAAAACACCCCTTCAGCACAAATTCATACACCCCTACCTTTCCTACCCACGTTCACCACATCATCCCCCCCTCTCAACATCTTGACTCGCCTCTCTCCAAACACACAATTCACGCAAACAACGCCAC';
human = 'ACCCCACTCACCCATACAAACCAACACCACTCTCCACCTAATATACAAATTAATAACCTCCCACCTTCAGAACTGAACGCCAATCTCATAACCAACACACCCCATCAAAGCACCCCTCCAACACAAACCCGCACACCTCCACCCCCCTCGTCTACGCTTACCACGTCATCCCTCCCTCTCAACACCTTAACTCACCTTCTCCCAAACGCACAATTCGCACACACAACGCCAC';
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class = [mouse;bovine;lemur;tarsier;squir_monk;jpn_macaq;rhesus_mac;crab_e_mac;barbmacaq;gibbon;orang;gorilla;chimp;human];
animal = ["mouse","bovine","lemur","tarsier","squir_monk","jpn_macaq","rhesus_mac","crab_e_mac","barbmacaq","gibbon","orang","gorilla","chimp","human"];
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