Matlab - Matrices Matlab

Hola, necesito ayuda para plantear lo siguiente: La primera matriz representa una serie de medidas calculadas, donde la primera columna representa la hora, por lo que la posición (1,2) de la matriz es el valor obtenido a las 6:00, el valor de la posición (1,3) el obtenido a las 6:01, (2,2) sería 6:01 así sucesivamente. La segunda matriz representa las medidas reales donde la primera columna es la hora y la segunda los datos. Básicamente quiero comparar los datos de la primera matriz con los datos de la segunda... El problema es el siguiente, los datos de las horas tanto de la matriz 1 como de la matriz 2 pueden faltar ( o no estar en orden) por lo que no bastaría con hacer dos bucles... No se que plantear para esto. Gracias.