Hola,
En Matlab los scripts son archivos de texto plano y son compatibles entre versiones. Lo que puede pasar es que en cada versión se agregan y eliminan funciones, por lo que puede que un código en concreto no funcione al cambiar de versión. En la documentación de Matlab se pude ver para cada una de las funciones en que versión se ha añadido, por lo que se puede saber si en compatible. Otro motivo por el que los scripts pueden no ser compatibles es porque no se use una toolbox que este instalada en la otra maquina, pero esto puede causar problemas en la misma versión. En la documentación de Matlab también puedes consultar si las funciones son generales o pertenecen a una toolbox.
Por otro lado, están los datos guardados en archivos binarios, en este caso hay varias versiones, pero el ultimo cambio de formato fue en R2006b, hace catorce años. Pudiéndose importa los archivos de otras versiones.
Lo único que no es compatible entre versiones son los programas compilados, pero estos se ejecutan con un runtime que se puede bajar gratuitamente y se pude tener instalado más de uno.
Saludos,
Daniel Rodríguez
Analytics Lane