Se puede supuestamente, yo estoy tratando de hacer lo mismo pero todavia no empiezo con eso, la funcion que permite hacer eso es el compilador que se llama "mcc" buscalo en la ayuda de matlab para ver que opciones tiene. aparte de compilar tu programa necesitas instalar un runtime que provee matlab para poder correr la aplicacion en un computador que no tenga matlab instalado ese runtime se encuentra en c:\matlab\toolbox\compiler\deploy\win32. copia esa carpeta en otro lugar y ejecutas el setup.
ojala te sirva para empezar
