Hola Gabriela! creo estas algo necesitada del comando jejeje pues bien el comando que debes usar es el "mcc" este comando de matlab crea los ejecutables, si le das help mcc te daras cuenta que existen varios parametros. El que debes usar para realizar el ejecutable es "-m". Entonces pondrias algo como:
mcc -m TUPROGRAMA.m
Y si tienes un GUI, sería:
mcc -m TUPROGRAMA.m TUPROGRAMA.fig
Revisa la ayuda de todas formas!! Saludos desde VENEZUELA!!!!
P.D: Creo que tu programa debe estar en la carpeta WORK de MATLAB