Como no sé exactamente cuál es el problema, supongo que es simplemente llamar a las demás funciones. Para ello crea un push button y en su callback haces las llamadas a las demás funciones. Para que trabaje bien, las demás funciones deben estar en la misma carpeta que la GUI.
Ejemplo:
Supongamos que el usuario ingresa algunos datos a la GUI por medio de texto editable, barra de deslizamiento, radiobuttons, etc. En el callback del push button:
numero=get(handles.edit1,'String'); %valor del edit1
numero=str2num(numero); %convierto la cadena de texto en número
posicion=get(handles.slide1,'Value'); %posición de la barra de deslizamiento
% Llamo a las funciones fun1 y fun2, que ya están definidas
valor=fun1(numero, posicion)
valor2=fun2(valor, numero)
Las funciones definidas pueden ser otras GUI.
