Saludos
Depende de la forma en que ejecutes tu programa.
Si entras a WINDOWS y ejecutas tu programa con doble click desde el explorador, seguramente te habilitará el ratón.
Si inicias en el MS-DOS, te cambias a la ruta donde esta tu programa, y lo ejecutas,lo más seguro es que no de habilite el ratón.
En este último caso, necesitas instalar el controlador de tu ratón para MS-DOS. Antes te lo proporcionaban en la compra de uno, ahora tal vez tengas que bajarlo de la pagina del fabricante.
Una vez instalado aparecerá un línea parecida a esta en el config.sys de tu máquina.
device=c:mousepointdd.sys
Aqui hay alguna descripción de lo anterior, las modificaciones las hacer el propio instalador del controlador.
http://www.alegsa.com.ar/Notas/264.php
Hace tiempo que no instalo un driver de esta manera no se si soporte los puertos USB.
En la configuración generalmente te pide algunos parámetros como el puerto al que esta conectado el ratón com1, com2, PS/2, así que tienes que ver que tipo de ratón tienes y en que puerto esta conectado.