Sí, es posible hacer sonar un beep desde un bat, y no necesitas usar comando alguno, solo un pequeño truco. En la tabla ASCII tienes el caracter 7 que impreso en pantalla en vez de escribir algo hace sonar el altavoz del sistema, en un bat puedes "imprimir" el caracter 7 con el comando ECHO
Haz esto, edita el bat en cuestión con el EDIT.COM, has una linea nueva en el lugar que quieras que suene el beep, escribe la palabra ECHO mas un espacio, luego presiona ALT+P, luego ALT+7, el 7 del teclado numerico, en pantalla debería aparecerte un punto mas grande que un punto final normal. Guarda los cambios y pruebalo.