Antes de contestarte te diré las desventajas que tienes en formatear un disco a FAT16. Solo puedes tener particiones de 528 megas, y como solo puede haber 4 particiones primarias en un disco solo puedes ocupar 2 y pico de Gigas en el disco a menos que instales un disk manager con lo que las particiones se van a 2 Gigas cada una, por otro lado no puedes usar nombres largos.
Lo mejor en tu caso es conseguirte el programa fdisk y format del DOS 6.22 o anterior (hasta la versión 4).
