Ms-Dos - No se ejecuta .bat (solo se abre el directorio)

Buenas,

Este tema me trae por el camino de la amargura. Tengo un acceso directo en el escritorio que llama a un .bat que funcionaba perfectamente, hasta que un día al intentar ejecutarlo, se me abrió con el Notepad++. Esto me genera un problema ya que sin él no puedo compilar un programa hecho en C++. He intentado modificar el registro, cambiar la asociación de ficheros/ejecutables y nada, lo más que he conseguido ha sido abrir un cmd en la ruta en la que está el .bat. La llamada desde el acceso directo es la siguiente:

D:\AA58\Caesar\Make\Common\run_env.bat s24scpu_integrity_multi-2.0

Siendo integrity el compilador. Ya me he desesperado porque no hay manera de hacerlo funcionar. Como referencia, dentro del .bat hay pocas instrucciones, pero una de ellas consiste en ejecutar cygwin y ni de coña llega a ella.

Espero que me podáis ayudar.
Un saludo.

Tienes que poner la parte del bat, porque puede ser varios temas, por ejemplo yo apostaría que es algún problema con un start, pero hay otras opciones. Y es que sin ver el bat es complicado decirte que pasa.