Permiteme corregirte Sandy, la secuencia es
Lee el archivo IO.SYS (Controlador de perifericos)
Lee el archivo DRVSPACE:BIN (Configura el floppy)
Lee el archivo MSDOS.SYS (Este lee el config.sys)
Lee el archivo COMMAND.COM (Este lee el autoexec.bat)
Como veras el command.com no se ejecuta hasta que el config.sys haya sido leido, de hecho, en el config.sys puedes hacer que sea otro el interprete de comandos mediante la entrada COMSPEC=<mi interprete de comandos>.