Ms-Dos - FTP y apagado de la maquina.

hola a totos, el problema que tengo es que despues de hacer un ftp para traerme unos ficheros se debe apagar la maquina, esto se hace de forma automatica por la noche, el problema que tengo es que el ftp dice que acaba por lo tanto se procede al apagado de la maquina, pero resulta que cuando veo los ficheros que se han descargado aparecen cortados al final, es decir , como si la maquina se apagará antes de tenerlos realmente bajados,. hay alguna forma de relantizar el proceso entre lo q termina el ftp y el apagado de la maquina.
Un saludo.