MySQL - tengo perdida de información en mi base de datos

hola como estan todos bueno resulta que se me están perdiendo datos de muchas de las tablas de la base de datos, y no se como mitigar eso.
bueno tengo como 60 tablas la tabla maestra que es la papa de todas. ha esta tabla papa, le tengo que hacer un load data infile cada 8 dias porque solicite una replica de esta tabla pero lo que me dieron fue un excel.

cada vez que yo hago el load data en la tabla papa tengo que eliminar con un trunk o con delete todos los registros omitiendo las fk con SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;


ya que si no lo hago el archivo no se carga porque se generan duplicados.
el caso es que cuando hago el

SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
load data infile "c:/archivop.txt" into mi tabla character ser latin1;

en algunas tablas se pierden registros, yo quisiera no depender de ese archivo de excel pero no hay de otra.
lo que hice ahora fue eliminar todas las llaves foraneas temporalmente, pero en realidad no se que hacer para cuando haga el load data, no se pierdan datos.

agradezco una manito y sus comentarios

Yo subiría el Excel a una tabla paralela, sin constraints, digamos una copia de tu tabla maestra...

Una vez los datos en ella realizaría el UPDATE E INSERT desde la tabla paralela a la maestra...

Así no perderías los registros anteriores al Excel...

Ejemplo después de subir a la tabla paralela:

con EL UPDATE actualizamos los valores de los datos que ya teníamos y vienen modificados en el nuevo fichero...
con el INSERT agregamos los datos que no teníamos....

No procede el DELETE para que no pierdas datos...

Saludos
Pd. Si la información te sirve a mi me sirve un +1

Hola Rafael,
que pena no contestar antes pero, me asignaron unos cambios en la vista de uno de los proyectos y me tarde bastante en terminarlos.
pero bn ya realice la prueba del codigo me dejaste y funciona a la perfección, en el archivo excel tenia 2106 registro en tabla maestra tenia 20063 registros y con el QUERY que me diste me subió de una 2108 la tabla maestra. incluyendo los dos registros de test. sin la necesidad de hacer un TRUNCATE o delete total a tabla maestra
muchas gracias...
ahora simplemente elimino los datos de tabla clonn y los cargo nuevamente con el archivo.csv Y ejecuto el QUERY
y listo el pollo , ahora volver a activar el las llaves foráneas...


Nuevamente muchas gracias..

aqui le dejo parte del srp que use