Hola depende del gusto... yo por ejemplo lo manejo cuando son por ejemplo Factura y detalle de factura
tengo el id autoincremental que identifica al registro, y un numero de factura que podrias ser numerico o alfanumerico, y el detalle de la factura tambien tiene su id incremental que identifica a cada registro asi como el id de la factura que identifica los registros de una factura, y luego la clave de la factura .Esto lo hago porque en una ocasion se intento cambiar el tipo de numeracion de las facturas y fue un verdadero dolor de cabeza,e asi que ahora lo hago asi, relaciono el encabezado de factura y el detalle con el ID,, evidentemente cuando programas buscas la factura y obtienes el ID del registro factura y lo buscas en el detalle, no las relaciono por no de factura
otro caso es el de la tabla de articulos.... manejo su id autoincremental y aparte su codigo de articulo independente, e igual, en este caso en el detalle de factura tengo el ID del articulo (que no se ve al imprimir o capturar ) y la clave del articulo
como digo depende de gustos