MySQL - 2 MySQL en 1 Servidor Win

2 MySQL en 1 Servidor Win
Hola .listeros
Como puedo hacer para tener 2 MySQL (misma version o distinta version , para el caso da lo mismo), pero con condicion indispensable que se encuentren en dos ubicaciones distintas.
Ejemplo:
Tengo un Servidor Windows2000 con dos unidades logicas : C y D
y podriamos tener..

C:\MySQL
y
D:\MySQL

Resulta que he logrado instalarlos de esta manera , pero el inconveniente surge que las dos instalaciones toman su configuracion del fichero My.INI ubicado en C:\WINNT., o sea que los dos Servers MySQL toman la configuracion del mismo fichero C:\WINNT\My.ini, por lo tanto no funcionan correctamente y por lo tanto manejan siempre el mismo DATADIR, ya sea C:\MySQL\DATA o D:\MySQL\DATA, y no puedo manejar estos dos DATADIR de manera separada.
Cabe mencionar que me gustaria que funcionaran ambas instalaciones, en forma totalmente separada.y en ubicaciones distintas.

Espero se entienda, y Muchas Gracias
Pablo

VMWARE ;)