Hola Juan
No puedo decirte con certeza cuál es mejor, he manejado ambos, pero más mysql-front y me gusta más el front, aunque te diré que manejo también EMS que también es muy bueno.
El EMS me gusta mucho para hacer transferencias de base de datsos o ejecutar scripts.
Yo creo que debes manejar ambos para ver diferencias y puedas tener tu criterio propio. Ya que a lo mejor para alguien puede ser mejor uno y para otra persona no lo sea.
Además ambos software tienen el mismo fin sólo que de dieferente manera, phpmyadmin utiliza pag. web y mysql front es una aplicación Win32.
Saludos